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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
22/12/2020 |
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Data da última atualização: |
22/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. |
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Afiliação: |
JAQUICELE APARECIDA da COSTA, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; MOYSÉS NASCIMENTO, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; FABYANO FONSECA e SILVA, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Zootecnia; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística. |
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Título: |
Genomic prediction with the additive-dominant model by dimensionality reduction methods. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01713, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/S1678-3921. pab2020.v55.01713 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract - The objective of this work was to evaluate the application of different dimensionality reduction methods in the additive-dominant model and to compare them with the genomic best linear unbiased prediction (G-BLUP) method. The dimensionality reduction methods evaluated were: principal components regression (PCR), partial least squares (PLS), and independent components regression (ICR). A simulated data set composed of 1,000 individuals and 2,000 single-nucleotide polymorphisms was used, being analyzed in four scenarios: two heritability levels × two genetic
architectures. To help choose the number of components, the results were evaluated as to additive, dominant, and total genomic information. In general, PCR showed higher accuracy values than the other methods. However, none of the methodologies are able to recover true genomic heritabilities and all of them present biased estimates, under- or overestimating the genomic genetic values. For the simultaneous estimation of the additive and dominance marker effects, the best alternative is to choose the number of components that leads the dominance genomic value to a higher accuracy.
Resumo - O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de diferentes métodos de redução de dimensionalidade no modelo aditivo-dominante e compará-los ao método genômico da melhor predição linear não viesada (G-BLUP). Os métodos de redução avaliados foram: regressão via componentes principais (PCR), quadrados mínimos parciais (PLS) e regressão via componentes
independentes (ICR). Utilizou-se um conjunto de dados simulados composto por 1.000 indivíduos e 2.000 polimorfismos de nucleotídeo único, analisados em quatro cenários: dois níveis de herdabilidade × duas heranças genéticas. Para auxiliar na escolha do número de componentes, os resultados foram avaliados quanto às informações genômicas aditiva, dominante e total. De
modo geral, a PCR apresentou maiores valores de acurácia em comparação aos demais métodos. No entanto, nenhuma das metodologias consegue capturar as herdabilidades genômicas reais e todas apresentam estimativas viesadas, tendo subestimado ou superestimado os valores genéticos genômicos. Para a estimação simultânea dos efeitos de marcadores aditivos e devidos à
dominância, a melhor alternativa é a escolha do número de componentes que conduz o valor genômico devido à dominância à maior acurácia. MenosAbstract - The objective of this work was to evaluate the application of different dimensionality reduction methods in the additive-dominant model and to compare them with the genomic best linear unbiased prediction (G-BLUP) method. The dimensionality reduction methods evaluated were: principal components regression (PCR), partial least squares (PLS), and independent components regression (ICR). A simulated data set composed of 1,000 individuals and 2,000 single-nucleotide polymorphisms was used, being analyzed in four scenarios: two heritability levels × two genetic
architectures. To help choose the number of components, the results were evaluated as to additive, dominant, and total genomic information. In general, PCR showed higher accuracy values than the other methods. However, none of the methodologies are able to recover true genomic heritabilities and all of them present biased estimates, under- or overestimating the genomic genetic values. For the simultaneous estimation of the additive and dominance marker effects, the best alternative is to choose the number of components that leads the dominance genomic value to a higher accuracy.
Resumo - O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicação de diferentes métodos de redução de dimensionalidade no modelo aditivo-dominante e compará-los ao método genômico da melhor predição linear não viesada (G-BLUP). Os métodos de redução avaliados foram: regressão via componentes principais (PCR), quadrados mínimos parciais (PLS) e... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Efeito de dominância; G-BLUP. |
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Thesagro: |
Genoma; Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Linkage disequilibrium; Phenotype; Polygenic inheritance. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/219571/1/Genomic-prediction-with-2020.pdf
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Marc: |
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700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 251 | |
| 142. |  | CUNHA, E. F. M.; SAMPAIO, J. E. de; FARIAS NETO, J. T. de. Situação atual do banco ativo de germoplasma de mandioca da Embrapa Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 513. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 148. | | SOUSA, A. M. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de; FARIAS NETO, J. T. de. Variabilidade genética entre progênies de açaí branco para caracteres da planta. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 19.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 3., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2015. p. 310-315.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 149. | | RAMALHO, G. F.; MOURA, E. F.; FARIAS NETO, J. T. de; PONTES, L. C. G. Variabilidade genética em acessos de mandioca amarela coletadas na Amazônia. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 15., 2011, Belém, PA. A ciência de fazer ciência: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2011. 1 CD-ROM. PIBIC-2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 152. | | OLIVEIRA, M. do S. P. de; FARIAS NETO, J. T. de. Variabilidade entre progênies de açaizeiro para caracteres de germinação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 17., 2002, Belém, PA. Anais. Belém: SBF, 2002. 3 f. Publicado também: FRAZÃO, D. A. C.; HOMMA, A. K. O; VIÉGAS, I. de J. M. (Ed.). Contribuição ao desenvolvimento da fruticultura na Amazônia. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2006. p. 55-59.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 153. | | MOCHIUTTI, S.; MELEM JUNIOR, N. J.; FARIAS NETO, J. T. de; CASTRO, A. W. V. de. Utilização do taxi-branco (Sclerolobium paniculatum Vogel) para recuperação de solos degradados pela agricultura migratória. In: CONGRESSO BRASILEIRO EM SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 2., 1998, Belém, PA. Sistemas agroflorestais no contexto da qualidade ambiental e competividade: resumos expandidos. Belém, PA: Embrapa-CPATU, 1998. p. 69-71.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 160. | | ARAÚJO, F. das C. B. de; CUNHA, R. L.; MOURA, E. F.; FARIAS NETO, J. T. de. Avaliação da variabilidade de carotenóides totais e compostos cianogênicos de raizes de mandioca brava e macaxeira pertencentes ao banco de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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